與化肥相比，有機肥具有不偏肥、不缺素、穩供、長效等特點。既可使秸桿廢棄物得到無害化處理，又可以通過生物有機肥增產增效，實現生態效益和經濟效益的統一。一般情況下，施用這種肥料可以提高作物產量5～20%。由于有機肥料利用率較高，氮素可以達到70～80%，磷素可以達到80～90%。
因此與化肥相比，在保證同樣產量的情況下，可以減少肥料施用量達3成到4成，也就是減少投入20～50元/畝。技術要點：(1)秸桿處理首先應將秸桿粉碎到一定的細度，然后還必須向其中添加適量的家禽糞尿或污泥等原料調整堆肥物料的碳氮比和水分，或者添加菌種和酶。(2)發酵分兩個階段：一是前發酵，可在露天或發酵裝置內進行，通過翻堆式強制通風為堆積層或發酵裝置內供給氧氣，以秸桿為主體添加畜禽糞便，好氧堆肥的主發酵期約為3～10天。二是后發酵，經過主發酵的半成品送到后發酵工序，將主發酵工序尚未分解的易分解有機物和較難分解的有機物進一步分解，使之變成腐殖酸、氨基酸等穩定的有機物，得到完全腐熟的有機肥制品，后發酵時間通常在20～30天以上。(3)后處理可根據需要將其進一步干燥、粉碎，繼而加工成作物專用有機—無機復混肥。(4)貯藏堆肥一般在春秋兩季使用，在夏冬就必須積存，儲存方式可直接堆存在發酵池中或袋裝，要求干燥而透氣。適宜區域：該技術可在我國秸桿資源豐富的糧食產區和環境容量有限的地區進行推廣，尤其適合環境問題比較突出的城鄉結合地區使用。
